У Националном парку Ђердап су посебно значајна следећа станишта: вода, односно Дунав са притокама, очувана шумска станишта, пре свега велики комплекси шума који су предуслов разноврсности животињског света у њима, ливаде, клисуре и кањони. У овим очуваним стаништима, посебно се издваја животињски свет кичмењака где спадају: сисари, птицe, гмизавци, водоземци и рибе.
Фауна
Велико богаство животињског света на подручју Националног парка Ђердап је пре свега због очуваности разноврсних станишта која дају добре услове за опстанак тако великог броја животињских врста.
Сисари
Подручје Ђердапа настањује најмање 55 врста сисара. Овај број чини преко половине до сада регистрованих врста сисара на простору Србије, што подручје Парка, као и читав регион Карпатске Србије, опредељује као зону умерено високог и високог диверзитета, и као подручје од изузетног значаја за очување целокупне фауне сисара у Србији.
Строго заштићене врсте сисара које насељавају Парк су видра, шарени твор, рис, све врсте слепих мишева и др. Већина осталих врста се налази у категорији „заштићене дивље врсте“.
Од изузетног значаја су и врсте које су ловно атрактивне, те су начини њихове заштите и коришћења регулисане и одредбама Закона о дивљачи и ловству. Најзначајније од њих су дивокоза, европски јелен, дивља свиња и срна.
Птице
Најбогатија је фауна птица која броји близу 270 врста. Због разноврсности орнитофауне и присуства ретких, угрожених врста птица, подручје Националног парка Ђердап је под именом “Ђердап“ укључено у листу значајних подручја за птице- ИБА подручја (Important Birds Areas).
У посебно значајне врсте птица за Ђердап спадају: мали корморан (Phalacrocorax pygmаeus), орао кликтавац (Aquila pomarina), патуљасти орао (Hieraeetus pennatus), белорепан (Haliaеetus albicilla), сури орао (Aquila chrysaetos), сиви соко (Falco pereginus), прдавац (Crex crex), црна рода (Ciconia nigra), буљина (Bubo bubo), уралска сова (Strix uralensis), ћук (Otus scops), бела чиопа (Apus melba), даурска ласта (Hirundo daurica).
У новије време појављује и белоглави суп (Gyps fulvus) на Штрпцу, као врста која је до 1956. била редовни становник Ђердапа.
Рибе
Око 50 врста риба је присутно у Дунаву и притокама на подручју Националног парка Ђердап, што говори о богатству и разноврсности. Изградњом хидроелектрана “Ђердап 1“ и “Ђердап 2“ на Дунаву заустављени су миграторни токови црноморских риба које су се мрестиле у Дунаву. Дошло је до промене хемијског састава воде, промене конфигурације дна и од једне брзе реке, Дунав је на простору Националног парка Ђердап претворен у језеро. Самим тим дошло је до нестанка појединих врста риба-црноморских због механичких препрека, а осталих због измене животних услова и истовремено експлозије популације алохтоних врста-толстолобик, амур, бабушка које су случајно или намерно унете у Дунав.
Најзначајније врсте риба су: сом (Silurus glanis), смуђ (Stizostedion lucioperca), смуђ камењар (Stizostedion volgensis), кечига (Acipenser ruthenus), деверика (Abramis brama), клен (Leuciscus cephalus), мрена (Barbus barbus), штука (Esox lucius), буцов (Aspius aspius), бодорка, жутоокица (Rutilus rutilus), кесега (Abramis ballerus), шљивоноса, гиборт, буборак (Vimba vimbr). Мали вретенар (Zingel streber) и велики вретенар (Zingel zingel) су због смањења бројности трајно заштићене врсте.
Богатство и разноврсност рибљег света Ђердапа веома су значајни за овдашње становништво, јер је рибарење од најстаријих дана било занимање великог броја људи и читаве породице генерацијама су се бавиле рибарењем. Дунавски аласи су пре изградње дунавских хидроелектрана ловили црноморске икроношице, моруне (Huso huso) које су достизале дужину и до 7 метара и тежину од 1 300 килограма, јесетре (Acipenser guldemstadticolchius) која је достизала дужину до 2 метра и тежину до 50 килограма, као и крупне примерке кечиге (Acipenser ruthenus) тежине до 15 килограма.
Гмизавци и водоземци
На подручју Националног парка Ђердап регистровано је 13 врста водоземаца и све су према Правилнику о проглашењу и заштити строго заштићених и заштићених дивљих врста биљака, животиња и гљива („Сл. гласник РС“, бр 5/10 и 47/11), строго заштићене, осим зелених жаба.
На подручју Националног парка Ђердап регистровано је 14 врста гмизаваца, од којих 9 спада у строго заштићене врсте, према Правилнику о проглашењу и заштити строго заштићених дивљих врста биљака, животиња и гљива („Сл. гласник РС“, бр 5/10 и 47/11).
Овде спадају између осталих следеће значајне врсте: шумска корњача (Testudo hermanni), барска корњача (Emys orbicularis), зелембаћ (Lacerta viridis), поскок (Vipera ammodytes) – једина отровница, смук (Zamenis longissimus), белоушка ( Natrix natrix ), шарени даждевњак (Salamandra salamandra), зелена жаба (Pelophylax kl. esculentus), шумска жаба (Rana dalmatina), гаталинка (Hyla arborea) и др.
Инсекти
Од инсеката, најбоље је истражена фауна дневних лептира. Евидентирано је преко 100 врста лептира, што је између осталог и разлог да је Ђердап сврстан у међународно значајна подручја за дневне лептире – ПБА подручје (Prime Byterfly Areas).
