Ђердап није само јединствени геолошки, геоморфолошки и хидролошки феномен, већ и један од најзначајнијих и најсевернијих европских рефугијума арктотерцијарне, пре свега шумске флоре и вегетације које су ту нашле сигурно уточиште за време ледених доба.
Флора
Ђердапска клисура је једна од најлепших клисура Европе. Чине је три клисуре и два кањона које су повезане са три котлине. То је највећа и најстарија водена пробојница која је повезивала водене басене запада и истока.
Реликтне врсте
биљака
На подручју Националног парка Ђердап забележено је присуство 13 врста терцијарних реликата (Berberis vulgaris, Celtis australis, Comandra elegans, Cotinus coggygria, Hedera helix, Ilex aquifolium, Juglans regia, Ruscus aculeatus, Ruscus hypoglossum, Staphylea pinnata, Syringa vulgaris, Taxus baccata). Терцијарни реликти чине 1,28% од укупног броја врста истраживаног подручја.
Значајна реликтна и ендемична врста Балканског полуострва која расте широм Ђердапске клисуре, а нарочито на окомитим кречњачким странама Мироча и бочних кањона дунавских притока, јесте јоргован (Syringa vulgaris). Његова најтипичнија станишта су стрме кречњачке падине на којима шума не може да се развије, тако да јоргован образује густе и непроходне жбунасте формације, које су у стручној литератури познате као шибљаци. Шибљаци јоргована не представљају само природну вредност, већ и украс читаве Ђердапске клисуре.
Присуство великог броја терцијарних реликата објашњава се улогом ђердапске клисуре и њених стрмих кречњачких падина као прибежишта древне терцијарне средњоевропске шумске флоре. Биљне врсте су бежећи пред леденим добима сигурна станишта нашле управо у широкој и дубокој ђердапској клисури, влажној тзв. “ђердапској клими“ без великих температурних колебања и умањеним климатским екстремима.
Балкански ендемити
Међу Балканским ендемитима утврђено је присуство 14 врста (Acanthus hungaricus, Acer hyrcanum subsp. Intermedium, Betonica scardica, Campanula sparsa subsp.sphaerotrix, Cytisus procumbens, Genista subcapitata, Viola macedonica subsp. мacedonica, Eryngium palmatum, Cerastium rectum subsp.rectum, Heliosperma pusillum subsp.moehringiifolia, Trifolium dalmaticum, Trifolium medium subsp.balcanicum, Sesleria latifolia I Festuca panciciana) што чини 2,56% од укупно 547 ендемичних биљних таксона Србије.
Флора истраживаног подручја Ђердапа са својих 1013 врста и подврста чини нешто више од четвртине укупне флоре Србије.
НП Ђердап са непосредном околином је због рефугијалног карактера и постојања великог диверзитета биљних врста различитог порекла, означено као подручје од међународног значаја за очување биљака тзв. ИПА подручје које је за око 1584 ha има већу површину од површине парка.
Шумска вегетација
Захваљујући комплексу еколошких фактора, који је деловао у континуитету од плиоцена до данас у Ђердапској клисури развила се сложена разноврсна богата мешовита шумска и жбунаста вегетација. У Ђердапу издвојено је укупно 57 шумских и жбунастих заједница. Велика је разлика између шумске вегетације на силикатима у долинама и на кречњацима у клисурама и кањонима. Главна карактеристика вегетације је присуство реликтних шумских зајеница које граде: орах, копривић, мечја леска, мезијска буква, јоргован и друге врсте.
Од 37 дрвенастих врста, значајне реликтне врсте су мечја леска, орах и копривић који је типична медитеранска врста. Подручје Ђердапа због топле кречњачке подлоге и специфичне благе климе, представља малу енклаву медитеранске и субмедитеранске флоре, где поред копривића сваоја станишта налазе маклен, грабић, медунац, руј и друге врсте.
Један од ретких четинара, који аутохтоно расте на овом подручју, је тиса која је уз то реликт и врло ретка угрожена врста. Специфични реликти дендрофлоре су и вечно зелено дрвеће и жбуње: божиковина, ловоролисни јеремичак и двојезичац.
Вегетација пукотина
стена
Да се природа сама брине о стварању максималних услова за развој биљних врста доказ су ђердапске кречне стене прекривене вегетацијом која се бори за своје место у екосистему и насељава места која пружају погодно станиште, влагу у изобиљу и наравно максималну светлост. У питању су примерци зељастих биљака који се јављају појединачно из пукотина кречног камена.
Можемо споменути длакави трижањ (Erysimum commatum), камењарску жуменицу (Alyssum petraeum), звончић (Campanula crassipes ) и жбунасте и полужбунасте формације као што је тиса (Taxus baccata ).
Субмедитеранске и
медитеранске врсте
Национални парк Ђердап и његова околина, у клисурама, кањонима и увалама у којима је повећана релативна влага ваздуха и умањени климатски екстреми, поседује специфичну, измењену климу која пружа довољну топлоту у летњем периоду и добро распоређене падавине у току године.
Све то доприноси појави да Ђердап и његова околина поседују мале енклаве субмедитеранских и медитеранских биљака, као што су: маклен, белограбић, руј, копривић, златна папрат и друге.
Копривић(Celtis australis), типична медитеранска врста, која у Ђердапу достиже најсевернију тачку распрострањења на Балканском полуострву, је типичан реликт дендрофлоре.
Угрожене и ишчезле
врсте
На истраживаном подручју Ђердапа идентификовано је присуство 83 биљна таксона, који су ретки и угрожени у флори Србије и због своје угрожености налазе се на „Прелиминарној Црвеној листи флоре Србије“.
Забележено је 15 биљних врста које се налазе у „Црвеној књизи флоре Србије 1“, при чему су 3 таксона ишчезла са подручја Ђердапа (Veronica bachofenii, Crocus banaticus и Tulipa hungarica). Врсте су ишчезле потапањем станишта услед изградње хидроелектране и формирања акумулационог језера.
У оквиру међународно значајних биљних врста забележено је присуство 12 таксона. Исто толико их има и на листи Конвенције о међународној трговини угроженим врстама дивље фауне и флоре (CITES-Вашингтон, 1973).
