Đerdap nije samo jedinstveni geološki, geomorfološki i hidrološki fenomen, već i jedan od najznačajnijih i najsevernijih evropskih refugijuma arktotercijarne, pre svega šumske flore i vegetacije koje su tu našle sigurno utočište za vreme ledenih doba.
Flora
Đerdapska klisura je jedna od najlepših klisura Evrope. Čine je tri klisure i dva kanjona koje su povezane sa tri kotline. To je najveća i najstarija vodena probojnica koja je povezivala vodene basene zapada i istoka.
Reliktne vrste
biljaka
Na području Nacionalnog parka Đerdap zabeleženo je prisustvo 13 vrsta tercijarnih relikata (Berberis vulgaris, Celtis australis, Comandra elegans, Cotinus coggygria, Hedera helix, Ilex aquifolium, Juglans regia, Ruscus aculeatus, Ruscus hypoglossum, Staphylea pinnata, Syringa vulgaris, Taxus baccata). Tercijarni relikti čine 1,28% od ukupnog broja vrsta istraživanog područja.
Značajna reliktna i endemična vrsta Balkanskog poluostrva koja raste širom Đerdapske klisure, a naročito na okomitim krečnjačkim stranama Miroča i bočnih kanjona dunavskih pritoka, jeste jorgovan (Syringa vulgaris). Njegova najtipičnija staništa su strme krečnjačke padine na kojima šuma ne može da se razvije, tako da jorgovan obrazuje guste i neprohodne žbunaste formacije, koje su u stručnoj literaturi poznate kao šibljaci. Šibljaci jorgovana ne predstavljaju samo prirodnu vrednost, već i ukras čitave Đerdapske klisure.
Prisustvo velikog broja tercijarnih relikata objašnjava se ulogom đerdapske klisure i njenih strmih krečnjačkih padina kao pribežišta drevne tercijarne srednjoevropske šumske flore. Biljne vrste su bežeći pred ledenim dobima sigurna staništa našle upravo u širokoj i dubokoj đerdapskoj klisuri, vlažnoj tzv. “đerdapskoj klimi“ bez velikih temperaturnih kolebanja i umanjenim klimatskim ekstremima.
Balkanski endemiti
Među Balkanskim endemitima utvrđeno je prisustvo 14 vrsta (Acanthus hungaricus, Acer hyrcanum subsp. Intermedium, Betonica scardica, Campanula sparsa subsp.sphaerotrix, Cytisus procumbens, Genista subcapitata, Viola macedonica subsp. macedonica, Eryngium palmatum, Cerastium rectum subsp.rectum, Heliosperma pusillum subsp.moehringiifolia, Trifolium dalmaticum, Trifolium medium subsp.balcanicum, Sesleria latifolia I Festuca panciciana) što čini 2,56% od ukupno 547 endemičnih biljnih taksona Srbije.
Flora istraživanog područja Đerdapa sa svojih 1013 vrsta i podvrsta čini nešto više od četvrtine ukupne flore Srbije.
NP Đerdap sa neposrednom okolinom je zbog refugijalnog karaktera i postojanja velikog diverziteta biljnih vrsta različitog porekla, označeno kao područje od međunarodnog značaja za očuvanje biljaka tzv. IPA područje koje je za oko 1584 ha ima veću površinu od površine parka.
Šumska vegetacija
Zahvaljujući kompleksu ekoloških faktora, koji je delovao u kontinuitetu od pliocena do danas u Đerdapskoj klisuri razvila se složena raznovrsna bogata mešovita šumska i žbunasta vegetacija. U Đerdapu izdvojeno je ukupno 57 šumskih i žbunastih zajednica. Velika je razlika između šumske vegetacije na silikatima u dolinama i na krečnjacima u klisurama i kanjonima. Glavna karakteristika vegetacije je prisustvo reliktnih šumskih zajenica koje grade: orah, koprivić, mečja leska, mezijska bukva, jorgovan i druge vrste.
Od 37 drvenastih vrsta, značajne reliktne vrste su mečja leska, orah i koprivić koji je tipična mediteranska vrsta. Područje Đerdapa zbog tople krečnjačke podloge i specifične blage klime, predstavlja malu enklavu mediteranske i submediteranske flore, gde pored koprivića svaoja staništa nalaze maklen, grabić, medunac, ruj i druge vrste.
Jedan od retkih četinara, koji autohtono raste na ovom području, je tisa koja je uz to relikt i vrlo retka ugrožena vrsta. Specifični relikti dendroflore su i večno zeleno drveće i žbunje: božikovina, lovorolisni jeremičak i dvojezičac.
Vegetacija pukotina
stena
Da se priroda sama brine o stvaranju maksimalnih uslova za razvoj biljnih vrsta dokaz su đerdapske krečne stene prekrivene vegetacijom koja se bori za svoje mesto u ekosistemu i naseljava mesta koja pružaju pogodno stanište, vlagu u izobilju i naravno maksimalnu svetlost. U pitanju su primerci zeljastih biljaka koji se javljaju pojedinačno iz pukotina krečnog kamena.
Možemo spomenuti dlakavi trižanj (Erysimum commatum), kamenjarsku žumenicu (Alyssum petraeum), zvončić (Campanula crassipes ) i žbunaste i polužbunaste formacije kao što je tisa (Taxus baccata ).
Submediteranske i
mediteranske vrste
Nacionalni park Đerdap i njegova okolina, u klisurama, kanjonima i uvalama u kojima je povećana relativna vlaga vazduha i umanjeni klimatski ekstremi, poseduje specifičnu, izmenjenu klimu koja pruža dovoljnu toplotu u letnjem periodu i dobro raspoređene padavine u toku godine.
Sve to doprinosi pojavi da Đerdap i njegova okolina poseduju male enklave submediteranskih i mediteranskih biljaka, kao što su: maklen, belograbić, ruj, koprivić, zlatna paprat i druge.
Koprivić(Celtis australis), tipična mediteranska vrsta, koja u Đerdapu dostiže najseverniju tačku rasprostranjenja na Balkanskom poluostrvu, je tipičan relikt dendroflore.
Ugrožene i iščezle
vrste
Na istraživanom području Đerdapa identifikovano je prisustvo 83 biljna taksona, koji su retki i ugroženi u flori Srbije i zbog svoje ugroženosti nalaze se na „Preliminarnoj Crvenoj listi flore Srbije“.
Zabeleženo je 15 biljnih vrsta koje se nalaze u „Crvenoj knjizi flore Srbije 1“, pri čemu su 3 taksona iščezla sa područja Đerdapa (Veronica bachofenii, Crocus banaticus i Tulipa hungarica). Vrste su iščezle potapanjem staništa usled izgradnje hidroelektrane i formiranja akumulacionog jezera.
U okviru međunarodno značajnih biljnih vrsta zabeleženo je prisustvo 12 taksona. Isto toliko ih ima i na listi Konvencije o međunarodnoj trgovini ugroženim vrstama divlje faune i flore (CITES-Vašington, 1973).
