Zaštita
Objekata
karstnog reljefa i hidrografije, Đerdapske klisure, kanjona Boljetinske reke, kanjona Brnjice i dr;
Stanišnih tipova
polidominantnih reliktnih zajednica, osiromašenih reliktnih zajednica, šibljaka, savremenih i drugih tipova šuma (bukove šume, hrastovo-grabove šume, termofilne i supra-mediteranske hrastove šume, mešovite termofilne šume i obalske formacije vrba); staništa i populacije divlje flore, posebno koprivića, oraha, mečje leske, jorgovana, maklena, crnog jasena, grabića, srebrne lipe, kavkaske lipe, Pančićevog maklena, medunca, zlatne paprati, božikovine, tise, brekinje, divlje kruške, divlje trešnje i dr.; staništa i populacije divlje faune, posebno ptica (crna roda, belorepan, orao zmijar, patuljasti orao, orao kliktaš, suri orao, soko, buljina i mali vranac);
Sisara
ris, evropski jelen, divlja svinja, medved, vidra, šareni tvor, divokoza i srna i dr.;
Riba
som, kečiga, smuđ, deverika, mrena, balkanski vijun, linjak, karaš, veliki i mali vretenar i jegulja i dr.;
Kulturno – istorijskog nasleđa
naročito Golubačkog grada, Lepenskog vira, Trajanove table, Dijane Karataš i zaštite i očuvanja spomen obeležja i dr. NP „Đerdap“ obuhvata deo područja Đerdapske klisure (Gvozdena vrata) u srednjem toku Dunava. Obuhvata i delove masiva severnog Kučaja, Miroča i Štrpca širine 2-10 km, kao i deo Dunava, koji pripada Republici Srbiji. Područje NP „Đerdap“ prostire se na teritoriji opština: Golubac, Majdanpek i Kladovo, ukupne površine 63.786,48 ha, od čega je 45.454,87 ha u državnoj svojini, a u privatnoj i drugim oblicima svojine 18.331,60 ha.
U okviru Zakona o nacionalnim parkovima uspostavljene su tri zone zaštite nacionalnog parka, i to:
Zona I stepena zaštite
U okviru ove zone ustanovljeno je 14 prostornih jedinica, koje obuhvataju prostor najvrednijih i najočuvanijih delova nacionalnog parka (reprezente vegetacije Đerdapske klisure, odnosno delovi savremenih i reliktnih polidominantnih i osiromašenih biljnih zajednica sa bukvom, hrastovima, mečjom leskom, orahom, maklenom, jorgovanom, zelenikom, tisom i dr.vrstama), ukupne površine od 5.106,27 ha.
Zona II stepena zaštite
U okviru ove zone ustanovljeno je 10 zasebnih celina, u kategoriji ostalih prirodnih vrednosti nacionalnog parka, koje obuhvataju prostor oko prirodnih rezervata, spomenika prirode, spomenika kulture koje čine pejzažno ambijentalnu celinu sa vrednostima iz prvog režima zaštite, pa tako podrazumeva posrednu zaštitu prvog stepena, opštu zaštitu staništa retkih i ugroženih biljnih i životinjskih vrsta, ukupne površine 13.715,39 ha.
Zona III stepena zaštite
Obuhvata preostali deo Nacionalnog parka (koji nije obuhvaćen zonama I i II stepena zaštite), površine oko 44.964,82 ha. Obuhvata poljoprivredne površine, građevinska područja gradova, naselja i sela, turističkih centara i zona, saobraćajna, vodna, energetska i telekomunikaciona infrastruktura, objekte privremenog rudarstva, pojedinačne objekte šumarstva, poljoprivrede, lovstva, ribarstva i dr; zone posebne namene ako se nalaze izvan I i II stepena zaštite.
